1.まずはじめに
日本国憲法には次のような規定があります。
すべて司法権は、最高裁判所及び法律の定めるところにより設置する下級裁判所に属する。特別裁判所は、これを設置することができない。行政機関は、終審として裁判を行ふことができない。すべて裁判官は、その良心に従ひ独立してその職権を行ひ、この憲法及び法律にのみ拘束される。
(第七十六条)
ここで注目していただきたいのは第三文です。つまり、行政機関である特許庁は終審としての裁判を行うことが出来ませんので、特許庁の下した結果に不服がある場合には、必ず裁判所へ出訴できるようにも思えます。